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Mendeleyの使い方まとめ

文献管理ソフトMendeley (メンデレー) の活用法について、本ブログで掲載した情報のまとめです。

 

基本的なMendeleyの使い方は以下のエントリを参照してください。

Mendeleyの導入方法と、基本的な使い方について書いた記事です。

Mendeley(メンデレイ)で文献管理を大幅に効率化できる理由と、Mendeleyの使い方 - My Scratch Pad
従来紙媒体で流通していた情報が、 ものすごい勢いでデジタル化してきている現在、 情報管理の方法論を、デジタルファイルに特化したものに置き換える必要性が高まってきています。   特に、書類や、論文など文献ファイルはPDF形式で配布されることが増えてきており、 コンピュータ内の文献PDFファイルの情報整理が、 仕事の効率に直結することも少なくないと思います。   今回は、この文献PDFファイルを効率的に整理する方法についてご紹介します。 ...

 

 

文献情報をより細かく整理する時の情報です。

著者名や論文ごとのタグやキーワードの管理をするには、以下のエントリを参照。

Mendeley Desktopで著者名の表記を統一する方法 - My Scratch Pad
文献管理ソフトMendeley Desktopの活用法について。Mendeleyで論文を管理していると、同じ著者でも微妙に著者名の表記が異なる論文が出てきてしまう。これをどうにかして統一したい、というのが今回の狙い。 では、どうするれば良いのか。 ...

 

 

文献の重複を検出して、一つの文献として統合する方法は、以下のエントリを参照。

[論文の整理]Mendeley Desktopで重複している文献を統合する方法 - My Scratch Pad
これまでのMendeley Desktopでは、同じ文献ファイルが2度登録されたときでも、異なる2つの文献ファイルとして登録されていました。 今までは、このようなときの対処は、ソートや検索で同一文献の情報を探して、重複している片方を削除してくという作業が必要でした。 既にMendeley Desktopを使いこなして、数百件以上の文献を管理している人にとっては、少なくともこの重複文献の問題は必ず引っかかる点だと思います。   しかし、今回からは、このような作業をすべてMendeley Desktop側で処理してくれるという、非常に強力な機能が追加されました。 ...

 

 

Mendeleyをより高度に使いこなしたい方向けに。

文献を複数のデバイス間で同期させて管理をするには、以下のエントリを参照。

【改良版】 Mendeleyで管理している文献を複数のPCで共有する方法 - My Scratch Pad
500MB以上の文献を管理する場合は、Mendeleyの有料アカウントを作成する必要があります。   より多くの文献をMendeleyで管理しつつ、複数のPC間で文献を同期したい しかも無料で、というのがこの目的です。 ...

 

 

Mendeleyのホームページ。

Free reference manager and PDF organizer | Mendeley
It’s time to change the way we do research. Mendeley is a free reference manager and academic social network that can help you organize your research, collaborate with others online, and discover the latest research. ...

 

image

半分の500MBを個人の領域として、残りの半分を共有の領域として使えるとのこと。また有料アカウントは、月々$4.99の“Soler System”が最大7GBまで、月々$9.99の“Milky Way”が15GBまで使用できる。

 

2012/08/01追記

無料アカウントで使用出来る個人領域が、これまでの500MBから1GBに倍増されました。

追記ここまで 

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Mendeley Desktopで著者名の表記を統一する方法

文献管理ソフトMendeley Desktopの活用法について。Mendeleyで論文を管理していると、同じ著者でも微妙に著者名の表記が異なる論文が出てきてしまう。これをどうにかして統一したい、というのが今回の狙い。
では、どうするれば良いのか。

答えは、Filter by Authorsの領域に出てくる著者名のリストを使う。
この著者名一覧の中で、著者名Aをドラッグして、著者名Bにドロップすると、著者名Aが一律著者名Bに修正される。
この機能を利用すると、ばらばらになっている著者名の表記を統一することができる。
Tagやキーワードも同様の操作で管理が可能である。

image

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Mendeleyを使った論文管理法、Mendeleyの使い方

※2012/08/02追記 - 本記事のMendeley情報について
本ブログにお越しいただき、ありがとうございます。
この記事は2010年5月現在の情報をもとに書いたものであるため、内容的に古くなってしまった部分があります。
最新の情報で見直しをして、大幅に加筆修正した記事が、以下になりますので、最新のMendeley情報を必要とされる方はこちらをご参照されることをお勧めいたします。

Mendeley(メンデレー)で文献管理を大幅に効率化できる理由と、Mendeleyの使い方 - My Scratch Pad


※2012/08/02追記 ここまで







Library interior

論文管理についての以下のような状況を改善したい。

  • すでに論文を自分のPCに数百以上保存している。
  • その論文をテーマや年代ごとにフォルダ分けして管理している。
  • 最近論文を探すのにとても時間がかかる。
  • 論文を持っているのを忘れて、その論文をWebで検索していることが多い。
  • いつの間にか同じ論文がいろいろなフォルダに複数ある。

 

フォルダで管理している現状の問題点

上記のような状況ではせっかく自分で構築した文献のライブラリの価値を十分に生かせないでいる事になります。文献はあくまでも研究の手段であり、目的ではありません。情報管理システムは、あくまでも主人である私の必要な時に必要な時だけ情報を提供してくれるシステムであるべきです。このような情報を管理する場合、PC上でファイルをフォルダ分けするという方法が正攻法だと思いますが、複数の要素にまたがるようなデータを適当なフォルダに振り分けようとした場合、いくつかの要素を妥協することにもなります。それは情報をスマートに管理しようとしている者にとっては少なからずストレスです。

 

では、このような様な状況をどのように改善するか。

Evernoteで論文管理することを考える

Evernote_Icon_256 フォルダ分け以外で情報を管理するという点でいえば、Evernoteが有名です。これは確かに一度ここに論文んを格納して管理しようとしたことがあり、実際手持ちの論文を登録したことがあります。しかし、いくつかの点でEvernoteを論文管理ツールとして使用するのをあきらめました。まず一番の壁は、Evernoteを無料のまま使おうとした場合、月に40MBという上限があるので、ちょっと文献を集めただけですぐ上限に達してしまいます。また、Evernoteに保存したPdfは、独自フォーマットで保存されるため、元のPdfに戻すことは不可能ではないですがめんどくさいです。この点で私のユースケースとは合わないと感じました。そのほかにも、論文のようなすでに一つのまとまったドキュメントとして存在するようなものを管理するためには、もっとそのドキュメント自体に著者、ジャーナル名、発行年等の付加情報を追加して管理をしたいのです。Evernoteはあくまでも思いついたネタや、Web上で不意に見つけた有益な情報を管理し、必要な時に取り出すことで、『自分の脳を拡張する』ような用途で用いる事が得意なので、これはこれでうまく使い分けていこうと思います。

 

Mendeleyという論文管理システム

logo-mendeley_1264073462 このようなこともあり、ネタや一時的な情報はEvernoteで管理するとして、論文をしっかり管理できるソフトがあればそれと併用しようと考えました。論文管理に特化したファイル管理ソフトをいろいろ探してみました。有料の文献管理ソフトが多い中、フリーソフトの「Mendeley」というものがあり、試しに導入してみました。

 

Mendeleyのページでユーザ登録して、ソフトをインストールする

Mendeleyのページに行ってユーザ登録をします。これはMendeleyはローカルの文献管理だけではなく、文献をソーシャル的にも管理することができ、Mendeleyを文献の共有や情報交換のハブにしようということだと思います。それはともかく、ユーザ登録することでMendeley Desktopというローカルで文献を管理するアプリケーションがダウンロードできるようになるのでダウンロードしてインストールをします。インストール後に最初に現れた画面には、まだ何も論文が登録されていないため空白です。そこでいよいよここからすでに持っている文献ファイルを登録していきます。

 

Mendeley Desktop に論文を登録する

image私の場合、文献をフォルダで管理していたので[File]メニューの[Watch Folder]メニューから、文献を保存しているフォルダを選択します。

すると保存していた文献がどんどんMendeleyに取り込まれていきます。文献の数にもよりますがおよそ500ファイルで10分くらいでしょうか。気長に待ちます。さて、文献が登録し終わった画面を見てみると自動的にAuthor、Titleなどがすでに自動的に入力されていることがわかります。いままで管理していたフォルダ階層などは登録内容には反映されません。この時点ですでに便利という感じですが、Pdfファイルから情報を抽出しているらしく、よく見てみると間違った情報が登録されていることがあるので注意。 

 

登録した論文の情報を整理する

その場合は、文献情報をWebから引っ張って来ることが可能です。まずリストから情報を修正したいファイルを選択します。選択したら右のペインのDocument Detailsタブを選択します。そのペインの一番上にSerch by Titleというボタンがあります。このボタンを押すことでGoogle Scholarから正しい文献情報をダウンロードし、登録内容に反映してくれます。たまに情報が見つからない場合がありますが、その時は論文のTitleが正しいかどうかを確認してみましょう。Mendeleyは論文のTitle情報を基に文献情報を検索して見つけてくるので、Titleが正しいということが必須条件です。
こうやって文献に正しい情報を入力していくのですが、1ファイルづつしかできないのでこれが結構時間がかかります。この辺りがまとめて自動化してくれたら嬉しいのですが。文献の情報が間違っていたら管理できるものもできないのでここはひたすら作業です。

 

ファイル名を同じフォーマットにリネームする

一通り文献の情報が整理できたら、もう一つの便利機能を使います。それがファイル名変更機能です。これは、リストで選択した文献のファイル名を指定したフォーマットで整理してくれる機能です。Renameこの段階まで来たら文献の情報も整っているはずなので、リストからファイルを全部選択して[File]メニューの[Rename Documet Files]メニューを選択します。私の場合はまず時系列で管理したいということもあったので「(発行年)_(タイトル)」というフォーマットにしました。OKを押すと文献のファイル名を一気に書き換えてくれます。ここでも文献の数によってはしばらく時間がかかりますので、気長に待ちましょう。フリーズしたかのような動きになりますが、そのまま待っていればたぶん大丈夫です。出来上がったファイル名を見ると見事に整理されているのがわかります。

 

リネームついでに重複ファイルのチェックも行う

ファイル名の変更後、重複ファイルを見つける事が出来ます。ファイル名を変更しても、一部Mendeleyに登録されているにもかかわらずファイル名が変わっていないファイルが出てくると思います。これは、同じ文献がいくつかのフォルダに分散している場合に、Mendeleyはどちらか一つのファイル名のみを変更するためです。このときどちらのファイル名が変更されているかはちょっとわかりませんが、とにかくそのファイルはどこかで重複しているという目印になります。もし今後Mendeleyを文献管理の軸に考えているのであればそのようなファイルは削除してしまって問題ありません。同じ文献が複数あってもMendeleyは一つの文献として扱うことができるからです。このファイル名が変更されていないファイル=どこかで重複しているファイルという法則を使うと、重複ファイルを削除することが可能になります。

 

文献検索をさらに快適にするために

kensaku  文献情報の取得が終わり、ファイル名を整理した段階で、文献管理がずいぶんすっきりとした感覚になります。このままでも、目的の文献を探すときに右上の検索領域を活用することで目的の文献を探すのが簡単にできるようになります。さらに文献管理を便利にするためにはTagによる管理が便利です。私の場合はTagにキーワードをどんどん入れていって管理しているのですが、一つの文献に対してあまりTag数が増えないように注意します。だいたい10個未満で管理できればよいのではないでしょうか。このタグが便利なのは、左側のペインでFilter by My Tagsを選択するとTagごとの文献を閲覧可能であることです。さらに、Tagを複数選択することでTagのANDをとってフィルタをかける事もできます。さらにTagでフィルタをかけた後に検索バーによる検索も可能であるということです。この機能を使えば目的の文献を見つけるのが従来のフォルダによる管理に比べて10分の1以下になります。ということでTagをつけていくと便利さが増すよというはなしでした。

 

今後新たな文献を入手した時はどうすればよいか?

これは現在いろいろと模索中です。とりあえずはダウンロードした文献を従来分けていたフォルダに入れて(ここは改善の余地あり)Mendeleyに自動的に取り込ませます。とりこまれた文献の情報を確認して、間違えがないか確認します。間違っていたら直したり、情報を取り込みなおしたりします。その後、文献に適当なTagをつけていきます。最後にファイル名を変更して整理したら完了。この方法でいまはやりくりしていますがまだこれからいろいろ機能を調べて改善していきたいと思います。

 

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Inputフロー1.0 Evernoteを使った情報の体系化

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ここまでは、大量にInputされる情報のうち、自分の興味ある・必要性を感じる情報のみを抽出するために、どんどんスターをつけて情報を選別する「作業」を紹介してきました。

Tieki's Note | Inputフロー1.0 RSSフィード~Google Reader~スターまでの1次情報整理方法

Tieki's Note | Inputフロー1.0 1次情報整理方法 モバイル編

 

本格的なInputはこれからです。これらの情報(素材)を有効に利用するためには、このスターをつけた情報をより高度な2次情報(料理)に変換し、そこから新しい「価値」を生み出すことが必要になります。

 

一時情報を、いかに情報として価値のあるものにするか

整理して体系化しないかぎり、データは情報とならず、データにとどまる。意味をなすには、体系として把握しなければならない。
しかるに、情報はその種類によって、いかなるかたちにおいても意味あるものとなり、いかなる体系化において意味あるものになるかが異なる。しかも同じ情報を、目的によっては、異なる視点から体系化しなければならない。

明日を支配するもの―21世紀のマネジメント革命

情報を体系化するには、まずすべての情報を一つの箱に集めて、全体を眺めながら分類していくことが有効です。

私の場合、1次情報として得た記事やデータ(例えば、Google Readerでスター付きの記事)がありますので、それらの整理にはEvernoteを使っています。

Evernoteはすべての情報をここに集約させるという思想で設計されているツールで、今回のように大量のデータを体系化する際には便利な機能を持っています。

 

Evernoteとは

Evernoteとは、公式HPには以下のように書いてあります。

Evernoteであなたのアイデア、見るモノ、好きなモノを保存して下さい。そして全てをお使いのコンピュータやデバイス上で閲覧して下さい。無料です。

Evernoteはノートの作成、興味のあるウェブページの保存、ボイスメモの録音、PDFファイルの保管、ToDoリストの作成、名刺のスナップ撮影など、もっといろんなことに最適です。

 

また、Evernoteを使った情報整理法はいろいろなところで情報提供がされており、以下などが参考になるかと。

Togetter - まとめ「Evernote のススメ」

シゴタノ! ?    「人生をEvernoteに詰め込みたい!」というあなたのためのアウトプット収集法まとめ

 

Evernoteを便利に使うための技術も、無いより有ったほうがよいので、以下参照。

[N] 「Evernote」で覚えておくと便利なキーボードショートカット

ChromeからEvernote Notebookを検索 : ライフハッカー[日本版]

 

Evernoteで情報を体系化

logojpGrGo5 Evernoteには強力な検索機能が付いています。テキスト内の文字列検索だけではなく、画像内の文字も認識して検索してくれるとのこと。基本的に情報を探すときはこの検索機能に大いに頼ることになります。少なくとも今回のように、Google Readerのスターである程度、重要な情報が濃縮されている場合は、この検索機能さえあればだいたいイメージ通りの情報を探し当てる事ができるようになります。


ただ、これでは一つの大きな箱に情報が大量に集まった状態で、情報が常にそこにある安心感はありますが、情報の偏りや全体の分類などを俯瞰するようなことはできません。
なので、情報にタグをつけて管理しています。

私の場合は以下のようなタグをつけています。


Book,Data,Design,Economy,English,

Lifehack,Music,Science,Thought,Tool,Work

Evernoteでは、このタグにいま情報がどれくらい入っているかが数字として確認できるので、自分でも気付かなかった興味のベクトルを知ることができたりします。また、タグのつけ方は記事の出典元に拘らずに、純粋に内容だけで判断するのがよいと思います。書評系のHPの記事だからといって、常にBookのタグをつけるのではなく、その記事が経済の内容を示唆しているならEconomyにしたり、科学的な議論ができそうだというならScienceのタグをつければよいと思います。もちろん、複数のタグをつけることもできるので、その時の判断で様々なタグをつけていくと、後々、面白い情報の繋がりが見えてくることがあります。

 

このように、情報の体系化とは、あらかじめ決められた木構造の階層に情報を格納していくのではなくて、それぞれの個性をラべリングして、表現してやることで、その情報から派生する有機的な第3次的な情報が見えてくるのだと思います。これが情報を価値化するということだと考えます。



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自己紹介
知的生産における効率と非効率のスキマにあるたのしさを発信していきます。 日常を便利にするコツや、役立つ情報、ライフハックを中心に。 Evernote、 Toodledo、 Mendeley、 Google、 などのツールとどう付き合っていくかなど、その時の考え、興味の中心を書いていくブログです。
  • Twitter : @ichi_tas
  • Email : mspktr0@gmail.com
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