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Mendeleyの使い方まとめ

文献管理ソフトMendeley (メンデレー) の活用法について、本ブログで掲載した情報のまとめです。

 

基本的なMendeleyの使い方は以下のエントリを参照してください。

Mendeleyの導入方法と、基本的な使い方について書いた記事です。

Mendeley(メンデレイ)で文献管理を大幅に効率化できる理由と、Mendeleyの使い方 - My Scratch Pad
従来紙媒体で流通していた情報が、 ものすごい勢いでデジタル化してきている現在、 情報管理の方法論を、デジタルファイルに特化したものに置き換える必要性が高まってきています。   特に、書類や、論文など文献ファイルはPDF形式で配布されることが増えてきており、 コンピュータ内の文献PDFファイルの情報整理が、 仕事の効率に直結することも少なくないと思います。   今回は、この文献PDFファイルを効率的に整理する方法についてご紹介します。 ...

 

 

文献情報をより細かく整理する時の情報です。

著者名や論文ごとのタグやキーワードの管理をするには、以下のエントリを参照。

Mendeley Desktopで著者名の表記を統一する方法 - My Scratch Pad
文献管理ソフトMendeley Desktopの活用法について。Mendeleyで論文を管理していると、同じ著者でも微妙に著者名の表記が異なる論文が出てきてしまう。これをどうにかして統一したい、というのが今回の狙い。 では、どうするれば良いのか。 ...

 

 

文献の重複を検出して、一つの文献として統合する方法は、以下のエントリを参照。

[論文の整理]Mendeley Desktopで重複している文献を統合する方法 - My Scratch Pad
これまでのMendeley Desktopでは、同じ文献ファイルが2度登録されたときでも、異なる2つの文献ファイルとして登録されていました。 今までは、このようなときの対処は、ソートや検索で同一文献の情報を探して、重複している片方を削除してくという作業が必要でした。 既にMendeley Desktopを使いこなして、数百件以上の文献を管理している人にとっては、少なくともこの重複文献の問題は必ず引っかかる点だと思います。   しかし、今回からは、このような作業をすべてMendeley Desktop側で処理してくれるという、非常に強力な機能が追加されました。 ...

 

 

Mendeleyをより高度に使いこなしたい方向けに。

文献を複数のデバイス間で同期させて管理をするには、以下のエントリを参照。

【改良版】 Mendeleyで管理している文献を複数のPCで共有する方法 - My Scratch Pad
500MB以上の文献を管理する場合は、Mendeleyの有料アカウントを作成する必要があります。   より多くの文献をMendeleyで管理しつつ、複数のPC間で文献を同期したい しかも無料で、というのがこの目的です。 ...

 

 

Mendeleyのホームページ。

Free reference manager and PDF organizer | Mendeley
It’s time to change the way we do research. Mendeley is a free reference manager and academic social network that can help you organize your research, collaborate with others online, and discover the latest research. ...

 

image

半分の500MBを個人の領域として、残りの半分を共有の領域として使えるとのこと。また有料アカウントは、月々$4.99の“Soler System”が最大7GBまで、月々$9.99の“Milky Way”が15GBまで使用できる。

 

2012/08/01追記

無料アカウントで使用出来る個人領域が、これまでの500MBから1GBに倍増されました。

追記ここまで 

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石垣島宣言に見るサステナビリティ

2007年に材料科学者にとって、社会が持続可能な発展を続けるために重要なポイントを、この石垣島宣言 (2007.11.01 ISSEM2007) は指摘している。

材料はこれまで人類社会の発展に貢献してきました。しかし、その一方で大量生産・消費・廃棄を通じて環境負荷を増やしてきたことも指摘されています。
現在、人類活動の更なる発展を求めて材料への要求が一層高まってきています。そのために、材料に係わる資源リスクも急速に増大しようとしています。
そこで、材料を持続可能な社会の構築に役立てることを目指す私たちは、資源利用に関する以下の3原則の重要性を再確認します。

 

資源利用の3つの原則

  1. 資源を枯渇させない
  2. 環境リスクを増やさない
  3. 地域的世代的公正に配慮する

 

環境経済学者ハーマン・デイリーの持続可能な発展のための3原則で述べてあることを、根本的な立場から言及してあるのが、この資源利用の3つの原則である。現在、科学の最先端で扱われている材料は、総じて付加価値の高い材料であり、希少価値の高い物質である。(プリミティブな材料を駆使して、最先端の特性を再現しようとする研究も当然ながら行われているが)その中で、資源の枯渇という問題に常に直面しているのが、材料科学という分野だ。地球規模でみても、地球自体が持つ資源量が絶対的に少ないものであったり、存在はしているが、経済として採掘が成り立ちうる量がごくわずかであったり、採掘可能な地域が紛争地帯などの社会的に不安定な地域に偏在していたりと、資源の不足といっても様々な要因がある。したがって、「資源を枯渇させない」とひとことで言っても、そこには様々な角度からのアプローチが必要であるということを示唆している。

そして、あらためて材料科学という立場からどのようなアプローチをすべきかを以下で宣言している。

また私たちは、材料を利用し使用する全ての人々に、この原則に則った以下の4つの実践を呼びかけ、私たち自身も、これらを具現化する材料技術を開発していく決意を表明します。

 

資源利用の4つの実践

  1. 使わずにすむものは使わない(Reduce)
  2. 丁寧に使う(Reuse)
  3. 何度も使う(Recycle)
  4. ありふれたものを使う(Replace)

 

今でこそよくつかわれるフレーズであるが、材料技術の大きなベクトルがこの1~4までの集合から成り立つべきということを述べている。

材料を扱う立場からすれば、まだまださきの技術で、今はまだチャンピオンデータさえ目指せばよいと考えるのではなく、材料を扱う立場だからこそ、その希少性を世に訴え、自らの技術を通して自らのフィールドを拡大させる努力が必要なのではないかと思う。

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Mendeleyを使った論文管理法、Mendeleyの使い方

※2012/08/02追記 - 本記事のMendeley情報について
本ブログにお越しいただき、ありがとうございます。
この記事は2010年5月現在の情報をもとに書いたものであるため、内容的に古くなってしまった部分があります。
最新の情報で見直しをして、大幅に加筆修正した記事が、以下になりますので、最新のMendeley情報を必要とされる方はこちらをご参照されることをお勧めいたします。

Mendeley(メンデレー)で文献管理を大幅に効率化できる理由と、Mendeleyの使い方 - My Scratch Pad


※2012/08/02追記 ここまで







Library interior

論文管理についての以下のような状況を改善したい。

  • すでに論文を自分のPCに数百以上保存している。
  • その論文をテーマや年代ごとにフォルダ分けして管理している。
  • 最近論文を探すのにとても時間がかかる。
  • 論文を持っているのを忘れて、その論文をWebで検索していることが多い。
  • いつの間にか同じ論文がいろいろなフォルダに複数ある。

 

フォルダで管理している現状の問題点

上記のような状況ではせっかく自分で構築した文献のライブラリの価値を十分に生かせないでいる事になります。文献はあくまでも研究の手段であり、目的ではありません。情報管理システムは、あくまでも主人である私の必要な時に必要な時だけ情報を提供してくれるシステムであるべきです。このような情報を管理する場合、PC上でファイルをフォルダ分けするという方法が正攻法だと思いますが、複数の要素にまたがるようなデータを適当なフォルダに振り分けようとした場合、いくつかの要素を妥協することにもなります。それは情報をスマートに管理しようとしている者にとっては少なからずストレスです。

 

では、このような様な状況をどのように改善するか。

Evernoteで論文管理することを考える

Evernote_Icon_256 フォルダ分け以外で情報を管理するという点でいえば、Evernoteが有名です。これは確かに一度ここに論文んを格納して管理しようとしたことがあり、実際手持ちの論文を登録したことがあります。しかし、いくつかの点でEvernoteを論文管理ツールとして使用するのをあきらめました。まず一番の壁は、Evernoteを無料のまま使おうとした場合、月に40MBという上限があるので、ちょっと文献を集めただけですぐ上限に達してしまいます。また、Evernoteに保存したPdfは、独自フォーマットで保存されるため、元のPdfに戻すことは不可能ではないですがめんどくさいです。この点で私のユースケースとは合わないと感じました。そのほかにも、論文のようなすでに一つのまとまったドキュメントとして存在するようなものを管理するためには、もっとそのドキュメント自体に著者、ジャーナル名、発行年等の付加情報を追加して管理をしたいのです。Evernoteはあくまでも思いついたネタや、Web上で不意に見つけた有益な情報を管理し、必要な時に取り出すことで、『自分の脳を拡張する』ような用途で用いる事が得意なので、これはこれでうまく使い分けていこうと思います。

 

Mendeleyという論文管理システム

logo-mendeley_1264073462 このようなこともあり、ネタや一時的な情報はEvernoteで管理するとして、論文をしっかり管理できるソフトがあればそれと併用しようと考えました。論文管理に特化したファイル管理ソフトをいろいろ探してみました。有料の文献管理ソフトが多い中、フリーソフトの「Mendeley」というものがあり、試しに導入してみました。

 

Mendeleyのページでユーザ登録して、ソフトをインストールする

Mendeleyのページに行ってユーザ登録をします。これはMendeleyはローカルの文献管理だけではなく、文献をソーシャル的にも管理することができ、Mendeleyを文献の共有や情報交換のハブにしようということだと思います。それはともかく、ユーザ登録することでMendeley Desktopというローカルで文献を管理するアプリケーションがダウンロードできるようになるのでダウンロードしてインストールをします。インストール後に最初に現れた画面には、まだ何も論文が登録されていないため空白です。そこでいよいよここからすでに持っている文献ファイルを登録していきます。

 

Mendeley Desktop に論文を登録する

image私の場合、文献をフォルダで管理していたので[File]メニューの[Watch Folder]メニューから、文献を保存しているフォルダを選択します。

すると保存していた文献がどんどんMendeleyに取り込まれていきます。文献の数にもよりますがおよそ500ファイルで10分くらいでしょうか。気長に待ちます。さて、文献が登録し終わった画面を見てみると自動的にAuthor、Titleなどがすでに自動的に入力されていることがわかります。いままで管理していたフォルダ階層などは登録内容には反映されません。この時点ですでに便利という感じですが、Pdfファイルから情報を抽出しているらしく、よく見てみると間違った情報が登録されていることがあるので注意。 

 

登録した論文の情報を整理する

その場合は、文献情報をWebから引っ張って来ることが可能です。まずリストから情報を修正したいファイルを選択します。選択したら右のペインのDocument Detailsタブを選択します。そのペインの一番上にSerch by Titleというボタンがあります。このボタンを押すことでGoogle Scholarから正しい文献情報をダウンロードし、登録内容に反映してくれます。たまに情報が見つからない場合がありますが、その時は論文のTitleが正しいかどうかを確認してみましょう。Mendeleyは論文のTitle情報を基に文献情報を検索して見つけてくるので、Titleが正しいということが必須条件です。
こうやって文献に正しい情報を入力していくのですが、1ファイルづつしかできないのでこれが結構時間がかかります。この辺りがまとめて自動化してくれたら嬉しいのですが。文献の情報が間違っていたら管理できるものもできないのでここはひたすら作業です。

 

ファイル名を同じフォーマットにリネームする

一通り文献の情報が整理できたら、もう一つの便利機能を使います。それがファイル名変更機能です。これは、リストで選択した文献のファイル名を指定したフォーマットで整理してくれる機能です。Renameこの段階まで来たら文献の情報も整っているはずなので、リストからファイルを全部選択して[File]メニューの[Rename Documet Files]メニューを選択します。私の場合はまず時系列で管理したいということもあったので「(発行年)_(タイトル)」というフォーマットにしました。OKを押すと文献のファイル名を一気に書き換えてくれます。ここでも文献の数によってはしばらく時間がかかりますので、気長に待ちましょう。フリーズしたかのような動きになりますが、そのまま待っていればたぶん大丈夫です。出来上がったファイル名を見ると見事に整理されているのがわかります。

 

リネームついでに重複ファイルのチェックも行う

ファイル名の変更後、重複ファイルを見つける事が出来ます。ファイル名を変更しても、一部Mendeleyに登録されているにもかかわらずファイル名が変わっていないファイルが出てくると思います。これは、同じ文献がいくつかのフォルダに分散している場合に、Mendeleyはどちらか一つのファイル名のみを変更するためです。このときどちらのファイル名が変更されているかはちょっとわかりませんが、とにかくそのファイルはどこかで重複しているという目印になります。もし今後Mendeleyを文献管理の軸に考えているのであればそのようなファイルは削除してしまって問題ありません。同じ文献が複数あってもMendeleyは一つの文献として扱うことができるからです。このファイル名が変更されていないファイル=どこかで重複しているファイルという法則を使うと、重複ファイルを削除することが可能になります。

 

文献検索をさらに快適にするために

kensaku  文献情報の取得が終わり、ファイル名を整理した段階で、文献管理がずいぶんすっきりとした感覚になります。このままでも、目的の文献を探すときに右上の検索領域を活用することで目的の文献を探すのが簡単にできるようになります。さらに文献管理を便利にするためにはTagによる管理が便利です。私の場合はTagにキーワードをどんどん入れていって管理しているのですが、一つの文献に対してあまりTag数が増えないように注意します。だいたい10個未満で管理できればよいのではないでしょうか。このタグが便利なのは、左側のペインでFilter by My Tagsを選択するとTagごとの文献を閲覧可能であることです。さらに、Tagを複数選択することでTagのANDをとってフィルタをかける事もできます。さらにTagでフィルタをかけた後に検索バーによる検索も可能であるということです。この機能を使えば目的の文献を見つけるのが従来のフォルダによる管理に比べて10分の1以下になります。ということでTagをつけていくと便利さが増すよというはなしでした。

 

今後新たな文献を入手した時はどうすればよいか?

これは現在いろいろと模索中です。とりあえずはダウンロードした文献を従来分けていたフォルダに入れて(ここは改善の余地あり)Mendeleyに自動的に取り込ませます。とりこまれた文献の情報を確認して、間違えがないか確認します。間違っていたら直したり、情報を取り込みなおしたりします。その後、文献に適当なTagをつけていきます。最後にファイル名を変更して整理したら完了。この方法でいまはやりくりしていますがまだこれからいろいろ機能を調べて改善していきたいと思います。

 

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知識ある者の責任

朝日新聞の記事から。

asahi.com(朝日新聞社):研究費1千万円→市民講座を年1回 研究者に義務化?案 - サイエンス

国から1千万円の研究費をもらったら年1回、子どもや市民に自分の研究をわかりやすく説明する――来年度以降、研究者がこんな必要に迫られる可能性が出てきた。

政府の総合科学技術会議の調査会で2011年度から始まる科学技術基本計画の素案が示され、「1千万円以上の研究費を得た研究者には、小中学校や市民講座でのレクチャーなどの科学・技術コミュニケーション活動への貢献を求める」との文言が盛り込まれた。

発表する研究論文には、一般向けにもわかりやすい数百字程度の説明を添付することも求める。内閣府の津村啓介政務官(科学技術担当)は「これから研究費を交付する方にお願いすることを考えている」と話し、具体的な制度の検討に入ったことを明らかにした。

内閣府によると、英国では一部の研究費で1年に1回、一般向けに内容を説明することを求めている、という。3月に大阪で開かれた総合科学技術会議の地方開催で傍聴者から、こうした制度の導入の必要性が指摘され、検討するきっかけになった。

文部科学省の科学研究費補助金だけでも、年5万人の研究代表者に平均300万円支給され、データベースによると1千万円以上の支給が採択された研究が年間1万件前後あり、対象は相当数に上りそうだ。

昨年の事業仕分けで科学事業に厳しい判定が相次ぎ、科学界からは反発を招いた。津村政務官は「科学者と国民のコミュニケーション不足を痛感した」といい、「民主党の科学政策が見えないとの批判があるが、面白いアイデアはすぐに実行に移している」とアピールしている。

 

このことは研究者には研究をする能力以外の能力も求められるようになってくるということを意味しています。

それは、自分の専門知識を専門知識のない人に「伝える」という能力です。研究者としてはとても優秀であっても、このことが上手くできない人も多いのではと思います。

知識ある者は、常に理解されるように努力する責任がある。

 

専門知識を伝える意味とは

そもそも、このような制度が議論される以前の段階で、研究者は自分の研究を一般市民に説明する責任があると思います。それは上記のような直接対話のような形ではないにしても、専門分野をわかりやすくかみ砕いた形での情報発信は必要です。少なくとも税金をもらって研究をさせてもらっている以上は。

しかし、今までなぜこのような活動が広く行われなかったか?

 

いままでの考え方

・多忙のため時間がない
  -この時間があれば研究を進めたい

・ほかの研究者の目が気になる
-市民に媚びていると思われたくない

・誤解を恐れずに割り切って話すことを嫌う
-簡単に説明しすぎると自分の研究の格が低く見られそう

ということだと思います。

 

では、どう考えればよいか


最初の時間がないというのは、制度化してその時間も研究活動の一環という意識があればクリアできること。また、2番目の点にも関係してきますが、この一般市民に対するコミュニケーションを、むしろ偉大な研究をやっているというステータスになるような形に持っていくことができれば研究者としての成果にもなるし、一般の人も興味を持ってくれるのではと思います。
最後の3番目、専門知識を一般の人に伝えるためには、少なからず厳密性を犠牲にして、日常生活に寄り添った形にあてはめて説明する必要があります。しかし、そのような説明は本当に自分の研究を自分で理解している人ではないとできないということを認識する必要があります。自分の(狭い)専門領域を知識の全領域の中に正しく位置づける事ができる必要があります。それは、専門領域に壁をつくらず、自分の研究をオープンなものとしてとらえ、いつもほかの研究領域からの風通しを良くするということが研究の、学問の発展には大切であるということを認識する必要があります。

このような意識に基づく活動として徐々に幅を広げつつあるのが科学技術コミュニケーションであり、その大切さが徐々に認識されつつあるのはうれしいことです。

CoSTEP|北海道大学高等教育機能開発総合センター科学技術コミュニケーション教育研究部

 

今後、研究のアウトプットとしてこの科学技術コミュニケーションが重要な位置を占めるようになってほしいという期待と、その時のためにいま何ができるかを考えていきたいです。

 

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研究者にとっての「失敗」とは

研究者にとっての「失敗」とは何か?

実験がうまくいかない、結果が出ない、など、成功よりも圧倒的に失敗が多いのが科学の常です。そこで「失敗とは何か」を考えるときに、「失敗をどうとらえるべきか」に焦点を当ててみたいと思います。

大事を成した人たちはそれぞれ「失敗」をどのようにとらえていたのでしょうか?失敗にまつわる言葉は数多く残されていますが、印象深いものをいくつか紹介します。

「私は実験において 失敗など一度たりともしていない。この方法ではうまく行かないということを発見してきたのだ。」

トーマス・エジソン

これはある意味エジソンだからこそ言える言葉なのかもしれませんが、内容は本質をとらえていると思います。

言葉には発しないまでも、このような精神はぜひ持っておきたいものです。

 

「失敗したところでやめてしまうから、失敗になる。成功するところまで続ければ、それは成功になる」

松下幸之助

経営の神様と呼ばれる松下幸之助の言葉です。

ビジネスだけではなく、科学者に向けた言葉としてとらえても重みがあります。

ただ、科学の場合は「成功するところ」がとても見えづらいため、ここのさじ加減が難しいところではありますが。

 

「間違いを犯したことのない人というのは、何も新しいことをしていない人のことだ。」

アインシュタイン

失敗を恐れて、わかりきった古いことを何度も繰り返すよりも、新しいことに挑戦して間違いを犯すほうが科学者として正しい生き方だということでしょうか。

 

こうして見ると、失敗には3つの要素があることがわかります。

  1. 行き止まりを知るための失敗
  2. 成功を導くための失敗
  3. 新しいことに挑戦する失敗

行き止まりを知り、何度も道に迷いながら成功への道を進むことが、新しいことに挑戦することそのものであり、

科学の面白さもそういったところにあるのではないでしょうか?

 

 

最後に6月に南アフリカでワールドカップを迎える日本代表の前監督イビチャ・オシムの言葉。

「いや、良いサッカーをしても、勝たなければ仕方がない」と反論する人は多いだろう。しかしそれは、良いサッカーをしてから言うものだ。良いサッカーをする前から言うべきではない。

オシムがまだ語っていないこと 

「サッカー」を「研究」に読み替えても、とても納得できる言葉だと思います。




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自己紹介
知的生産における効率と非効率のスキマにあるたのしさを発信していきます。 日常を便利にするコツや、役立つ情報、ライフハックを中心に。 Evernote、 Toodledo、 Mendeley、 Google、 などのツールとどう付き合っていくかなど、その時の考え、興味の中心を書いていくブログです。
  • Twitter : @ichi_tas
  • Email : mspktr0@gmail.com
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