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Mendeleyを使った論文管理法、Mendeleyの使い方

※2012/08/02追記 - 本記事のMendeley情報について
本ブログにお越しいただき、ありがとうございます。
この記事は2010年5月現在の情報をもとに書いたものであるため、内容的に古くなってしまった部分があります。
最新の情報で見直しをして、大幅に加筆修正した記事が、以下になりますので、最新のMendeley情報を必要とされる方はこちらをご参照されることをお勧めいたします。

Mendeley(メンデレー)で文献管理を大幅に効率化できる理由と、Mendeleyの使い方 - My Scratch Pad


※2012/08/02追記 ここまで







Library interior

論文管理についての以下のような状況を改善したい。

  • すでに論文を自分のPCに数百以上保存している。
  • その論文をテーマや年代ごとにフォルダ分けして管理している。
  • 最近論文を探すのにとても時間がかかる。
  • 論文を持っているのを忘れて、その論文をWebで検索していることが多い。
  • いつの間にか同じ論文がいろいろなフォルダに複数ある。

 

フォルダで管理している現状の問題点

上記のような状況ではせっかく自分で構築した文献のライブラリの価値を十分に生かせないでいる事になります。文献はあくまでも研究の手段であり、目的ではありません。情報管理システムは、あくまでも主人である私の必要な時に必要な時だけ情報を提供してくれるシステムであるべきです。このような情報を管理する場合、PC上でファイルをフォルダ分けするという方法が正攻法だと思いますが、複数の要素にまたがるようなデータを適当なフォルダに振り分けようとした場合、いくつかの要素を妥協することにもなります。それは情報をスマートに管理しようとしている者にとっては少なからずストレスです。

 

では、このような様な状況をどのように改善するか。

Evernoteで論文管理することを考える

Evernote_Icon_256 フォルダ分け以外で情報を管理するという点でいえば、Evernoteが有名です。これは確かに一度ここに論文んを格納して管理しようとしたことがあり、実際手持ちの論文を登録したことがあります。しかし、いくつかの点でEvernoteを論文管理ツールとして使用するのをあきらめました。まず一番の壁は、Evernoteを無料のまま使おうとした場合、月に40MBという上限があるので、ちょっと文献を集めただけですぐ上限に達してしまいます。また、Evernoteに保存したPdfは、独自フォーマットで保存されるため、元のPdfに戻すことは不可能ではないですがめんどくさいです。この点で私のユースケースとは合わないと感じました。そのほかにも、論文のようなすでに一つのまとまったドキュメントとして存在するようなものを管理するためには、もっとそのドキュメント自体に著者、ジャーナル名、発行年等の付加情報を追加して管理をしたいのです。Evernoteはあくまでも思いついたネタや、Web上で不意に見つけた有益な情報を管理し、必要な時に取り出すことで、『自分の脳を拡張する』ような用途で用いる事が得意なので、これはこれでうまく使い分けていこうと思います。

 

Mendeleyという論文管理システム

logo-mendeley_1264073462 このようなこともあり、ネタや一時的な情報はEvernoteで管理するとして、論文をしっかり管理できるソフトがあればそれと併用しようと考えました。論文管理に特化したファイル管理ソフトをいろいろ探してみました。有料の文献管理ソフトが多い中、フリーソフトの「Mendeley」というものがあり、試しに導入してみました。

 

Mendeleyのページでユーザ登録して、ソフトをインストールする

Mendeleyのページに行ってユーザ登録をします。これはMendeleyはローカルの文献管理だけではなく、文献をソーシャル的にも管理することができ、Mendeleyを文献の共有や情報交換のハブにしようということだと思います。それはともかく、ユーザ登録することでMendeley Desktopというローカルで文献を管理するアプリケーションがダウンロードできるようになるのでダウンロードしてインストールをします。インストール後に最初に現れた画面には、まだ何も論文が登録されていないため空白です。そこでいよいよここからすでに持っている文献ファイルを登録していきます。

 

Mendeley Desktop に論文を登録する

image私の場合、文献をフォルダで管理していたので[File]メニューの[Watch Folder]メニューから、文献を保存しているフォルダを選択します。

すると保存していた文献がどんどんMendeleyに取り込まれていきます。文献の数にもよりますがおよそ500ファイルで10分くらいでしょうか。気長に待ちます。さて、文献が登録し終わった画面を見てみると自動的にAuthor、Titleなどがすでに自動的に入力されていることがわかります。いままで管理していたフォルダ階層などは登録内容には反映されません。この時点ですでに便利という感じですが、Pdfファイルから情報を抽出しているらしく、よく見てみると間違った情報が登録されていることがあるので注意。 

 

登録した論文の情報を整理する

その場合は、文献情報をWebから引っ張って来ることが可能です。まずリストから情報を修正したいファイルを選択します。選択したら右のペインのDocument Detailsタブを選択します。そのペインの一番上にSerch by Titleというボタンがあります。このボタンを押すことでGoogle Scholarから正しい文献情報をダウンロードし、登録内容に反映してくれます。たまに情報が見つからない場合がありますが、その時は論文のTitleが正しいかどうかを確認してみましょう。Mendeleyは論文のTitle情報を基に文献情報を検索して見つけてくるので、Titleが正しいということが必須条件です。
こうやって文献に正しい情報を入力していくのですが、1ファイルづつしかできないのでこれが結構時間がかかります。この辺りがまとめて自動化してくれたら嬉しいのですが。文献の情報が間違っていたら管理できるものもできないのでここはひたすら作業です。

 

ファイル名を同じフォーマットにリネームする

一通り文献の情報が整理できたら、もう一つの便利機能を使います。それがファイル名変更機能です。これは、リストで選択した文献のファイル名を指定したフォーマットで整理してくれる機能です。Renameこの段階まで来たら文献の情報も整っているはずなので、リストからファイルを全部選択して[File]メニューの[Rename Documet Files]メニューを選択します。私の場合はまず時系列で管理したいということもあったので「(発行年)_(タイトル)」というフォーマットにしました。OKを押すと文献のファイル名を一気に書き換えてくれます。ここでも文献の数によってはしばらく時間がかかりますので、気長に待ちましょう。フリーズしたかのような動きになりますが、そのまま待っていればたぶん大丈夫です。出来上がったファイル名を見ると見事に整理されているのがわかります。

 

リネームついでに重複ファイルのチェックも行う

ファイル名の変更後、重複ファイルを見つける事が出来ます。ファイル名を変更しても、一部Mendeleyに登録されているにもかかわらずファイル名が変わっていないファイルが出てくると思います。これは、同じ文献がいくつかのフォルダに分散している場合に、Mendeleyはどちらか一つのファイル名のみを変更するためです。このときどちらのファイル名が変更されているかはちょっとわかりませんが、とにかくそのファイルはどこかで重複しているという目印になります。もし今後Mendeleyを文献管理の軸に考えているのであればそのようなファイルは削除してしまって問題ありません。同じ文献が複数あってもMendeleyは一つの文献として扱うことができるからです。このファイル名が変更されていないファイル=どこかで重複しているファイルという法則を使うと、重複ファイルを削除することが可能になります。

 

文献検索をさらに快適にするために

kensaku  文献情報の取得が終わり、ファイル名を整理した段階で、文献管理がずいぶんすっきりとした感覚になります。このままでも、目的の文献を探すときに右上の検索領域を活用することで目的の文献を探すのが簡単にできるようになります。さらに文献管理を便利にするためにはTagによる管理が便利です。私の場合はTagにキーワードをどんどん入れていって管理しているのですが、一つの文献に対してあまりTag数が増えないように注意します。だいたい10個未満で管理できればよいのではないでしょうか。このタグが便利なのは、左側のペインでFilter by My Tagsを選択するとTagごとの文献を閲覧可能であることです。さらに、Tagを複数選択することでTagのANDをとってフィルタをかける事もできます。さらにTagでフィルタをかけた後に検索バーによる検索も可能であるということです。この機能を使えば目的の文献を見つけるのが従来のフォルダによる管理に比べて10分の1以下になります。ということでTagをつけていくと便利さが増すよというはなしでした。

 

今後新たな文献を入手した時はどうすればよいか?

これは現在いろいろと模索中です。とりあえずはダウンロードした文献を従来分けていたフォルダに入れて(ここは改善の余地あり)Mendeleyに自動的に取り込ませます。とりこまれた文献の情報を確認して、間違えがないか確認します。間違っていたら直したり、情報を取り込みなおしたりします。その後、文献に適当なTagをつけていきます。最後にファイル名を変更して整理したら完了。この方法でいまはやりくりしていますがまだこれからいろいろ機能を調べて改善していきたいと思います。

 

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  • 行動は時として言葉より多くを語る。

 

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  • ビジョン、考え方、方向性を明確に語る
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感情に振り回されない

  • 他人の意見や作ったものを否定しない
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知識ある者の責任

朝日新聞の記事から。

asahi.com(朝日新聞社):研究費1千万円→市民講座を年1回 研究者に義務化?案 - サイエンス

国から1千万円の研究費をもらったら年1回、子どもや市民に自分の研究をわかりやすく説明する――来年度以降、研究者がこんな必要に迫られる可能性が出てきた。

政府の総合科学技術会議の調査会で2011年度から始まる科学技術基本計画の素案が示され、「1千万円以上の研究費を得た研究者には、小中学校や市民講座でのレクチャーなどの科学・技術コミュニケーション活動への貢献を求める」との文言が盛り込まれた。

発表する研究論文には、一般向けにもわかりやすい数百字程度の説明を添付することも求める。内閣府の津村啓介政務官(科学技術担当)は「これから研究費を交付する方にお願いすることを考えている」と話し、具体的な制度の検討に入ったことを明らかにした。

内閣府によると、英国では一部の研究費で1年に1回、一般向けに内容を説明することを求めている、という。3月に大阪で開かれた総合科学技術会議の地方開催で傍聴者から、こうした制度の導入の必要性が指摘され、検討するきっかけになった。

文部科学省の科学研究費補助金だけでも、年5万人の研究代表者に平均300万円支給され、データベースによると1千万円以上の支給が採択された研究が年間1万件前後あり、対象は相当数に上りそうだ。

昨年の事業仕分けで科学事業に厳しい判定が相次ぎ、科学界からは反発を招いた。津村政務官は「科学者と国民のコミュニケーション不足を痛感した」といい、「民主党の科学政策が見えないとの批判があるが、面白いアイデアはすぐに実行に移している」とアピールしている。

 

このことは研究者には研究をする能力以外の能力も求められるようになってくるということを意味しています。

それは、自分の専門知識を専門知識のない人に「伝える」という能力です。研究者としてはとても優秀であっても、このことが上手くできない人も多いのではと思います。

知識ある者は、常に理解されるように努力する責任がある。

 

専門知識を伝える意味とは

そもそも、このような制度が議論される以前の段階で、研究者は自分の研究を一般市民に説明する責任があると思います。それは上記のような直接対話のような形ではないにしても、専門分野をわかりやすくかみ砕いた形での情報発信は必要です。少なくとも税金をもらって研究をさせてもらっている以上は。

しかし、今までなぜこのような活動が広く行われなかったか?

 

いままでの考え方

・多忙のため時間がない
  -この時間があれば研究を進めたい

・ほかの研究者の目が気になる
-市民に媚びていると思われたくない

・誤解を恐れずに割り切って話すことを嫌う
-簡単に説明しすぎると自分の研究の格が低く見られそう

ということだと思います。

 

では、どう考えればよいか


最初の時間がないというのは、制度化してその時間も研究活動の一環という意識があればクリアできること。また、2番目の点にも関係してきますが、この一般市民に対するコミュニケーションを、むしろ偉大な研究をやっているというステータスになるような形に持っていくことができれば研究者としての成果にもなるし、一般の人も興味を持ってくれるのではと思います。
最後の3番目、専門知識を一般の人に伝えるためには、少なからず厳密性を犠牲にして、日常生活に寄り添った形にあてはめて説明する必要があります。しかし、そのような説明は本当に自分の研究を自分で理解している人ではないとできないということを認識する必要があります。自分の(狭い)専門領域を知識の全領域の中に正しく位置づける事ができる必要があります。それは、専門領域に壁をつくらず、自分の研究をオープンなものとしてとらえ、いつもほかの研究領域からの風通しを良くするということが研究の、学問の発展には大切であるということを認識する必要があります。

このような意識に基づく活動として徐々に幅を広げつつあるのが科学技術コミュニケーションであり、その大切さが徐々に認識されつつあるのはうれしいことです。

CoSTEP|北海道大学高等教育機能開発総合センター科学技術コミュニケーション教育研究部

 

今後、研究のアウトプットとしてこの科学技術コミュニケーションが重要な位置を占めるようになってほしいという期待と、その時のためにいま何ができるかを考えていきたいです。

 

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タイムマネジメントをドラッカーから学ぶ

時間管理:タイムマネジメントについてのメモ。

ドラッカー著『プロフェッショナルの条件』から学ぶ、タイムマネジメントとは何か。

プロフェッショナルの条件―いかに成果をあげ、成長するか (はじめて読むドラッカー (自己実現編))

 

タイムマネジメントとは、『時間=最大の制約条件』を認識すること。

タイムマネジメントとは何か、それは、『時間=最大の制約条件』を認識することであるといえます。つまり、ある問題に直面した時に、何を一番大きな括りとして対応すればよいのかということに対して、それはお金や能力や環境などではなく、時間であるということです。

成果をあげる者は仕事からスタートしない。時間からスタートする。計画からもスタートしない。時間が何にとらわれているかを明らかにすることからスタートする。

 

何かを成し遂げるために必要なこと、必要でないことを明らかにする必要があります。そして、明らかになった不必要なことに費やしている時間をなくす努力が必要です。

次に、時間をマネジメントすべく、自らの時間に対する非生産的な要求を退ける。

 

非生産的な時間を退けることで、生産的なことに費やすことのできる時間が増えます。

 

最後に、そうして得られた時間を大きくまとめる。
したがって、時間を記録し、整理し、まとめるという3段階のプロセスが、成果をあげるために時間をマネジメントすることの基本となる。

 

では具体的にはどうすればよいか。

成果をあげるための第一歩は、時間を記録することである。
最低でも年2回、3、4週間にわたって記録をとる。記録を見て日々のスケジュールを調整し、組み替えていく。時間の使い方は練習によって改善できる。だが、絶えず努力をしないかぎり、仕事に流される。

 

時間管理は時間を記録することから。一日、一時間、一分を記録し、可視化して、調整して、次の一日にフィードバックする努力が必要。時間の使い方も練習する必要があるということです。


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アイデアを育てる土壌

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アイデアと植物を育てる

アイデアも植物と同じように、育てるときのベースとなる土壌がとても大切です。

 

植物の場合、いい花を咲かせよう、いい作物を作ろうとしたときに、その植物に最適な土をつくってやる必要があります。十分耕されていて柔らかい土になっているだろうか、肥料の量はちょうどよいだろうか等、気を遣う必要があります。

 

アイデアも同じように、今までの古い考えに凝り固まった土壌からは丈夫な芽は生えてくることはありません。土を耕すために必要なこと。それは、例えば本を読む場合でも、今までなじんできた一つの分野の本ばかりを読むのではなくて、たまには全く違う領域の本を手に取って見るということも必要だと思います。そのような本を読むことによって、自分自身の土壌に新しい空気が入り、土が柔らかく耕されることになります。

 

土づくり実践方法

実践方法としては、ある期間を区切って(私の場合は2週間)その間は、ある一つのテーマにしたがって本を選んで読んでいくのが良いです。そのテーマは自分の興味のある領域から取ってきてもいいし、その時話題になっているニュースから取ってきてもよいと思います。その時に決めたテーマがアフリカの貧困問題、世界経済、またはインターネットだとしても、それに2週間没頭することが大切です。これは、従来の勉強法を直接的インプットだとすると、間接的インプットと言えます。間接的インプットを行うことで、2週間後には自分が思いもよらなかった視点で物事を見る事ができるようになります。日常何気なく触れていた情報や物事に対する考え方が変わったりもします。

 

間接的インプットの価値

この行為は一見アイデアを出そうとしているときには必要のない作業だと思うかもしれませんし、アイデアは努力で頭からひねり出すものだという考えを持つこともあると思います。勉強したり、専門書を読み込んだり、専門知識を暗記したりするような直接的なインプットは、確かに物事を暗記したり、計算問題を解いたりするということに対しては有効です。しかし、この直接的なインプットを用いた場合、アイデアを生むという行為は、その出発点がどこにあるのかわからないだけに、考えが空回りして時間だけが過ぎていくことにもなりかねません。これからアイデアを育てようとする際にも、いきなり頭からひねり出そうとするのではなく、まず間接的インプットを継続して、土をつくるところから始めることが大切です。

 

良いアイデアは、良い土づくりから

例えば、日々の読書であったり、会話の内容のようなものの積み重ねが、よいアイデアをつくるための土壌を育てます。たとえ、直接かかわりのないテーマの内容であっても、たとえすぐに忘れてしまう内容であっても、それが自分の中に蓄積していく過程を楽しむというのも一つのコツです。とにかく土のない場所には植物は生えてこないということです。



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なぜ右左ではなく左右なのか

Connecting-roads1223 なぜ右左ではなく左右なのか、という疑問を出発点に、左右について書きます。

右と左の概念とは

自分自身を基準にしたときに、上下というのは重力の方向で明確に区別ができるし、前後は自分の進行方向から明らかに判別可能です。でも、左右という概念は、上下や前後に反して明確な差がありません。左右を説明するときに、心臓がある方、お箸を持つ方などの言い方があるが、これも共通的、絶対的な価値の差であるとは言えません。
例えば、地球の概念を何もしらない宇宙人に左右の定義を伝えるとしたらどうしたらいいでしょうか?Wikipediaに興味深い考察があります。詳しくは本文を参照してください。左右 ? Wikipedia
通信内容によってという制限つきではありますが、“言語等論理のみで左右を伝えることは、極めて難しい”としています。
この右と左という概念は何を起源としているのか、自分自身はどうこの概念を利用すればよいのか。この右と左について考えます。

 

ではなぜ、右左ではなくて左右なのか

では、まず文化的な側面から見てみたいとおもいます。そもそも右と左はなぜ合わせて左右と呼ぶのか、という切り口から。

■右と左のことを右左(うさ)と言わず左右(さゆう)というのは不思議ではある。なんとなく左上位に感じられるからである。英語でも、通常はright and left とならべるようだ。右も左も現代中国語でも右と左と書くが、やはり右上位である。日本人の左右観は、基本的には中国から移植されたが、受容の過程で、若干の混乱が生じてしまった。

■ 漢字の象形文字では、右は右手で「のりと」(口)を持つ形、左は左手でのりとをのせる「台」(工)を持つ形であり、のりとの方が台よりも上位である。この右と左の両手を重ねると「尋」(たずねる)となり、のりとによって神意を尋ねるとなる。さらに両手を広げた一ヒロという「尋」にも転意していく。

■ このような右と左は、中国では白文で「左右」、すなわち返り点を打って、「右を左(たすく)」と読まれるが、熟語としては、左右のままで、日本語化したという。だから左右という言葉の意味は、左手は右手を助けるものであるということで、最初に書いたように、左優位を意味しないとが分かった訳である。

 左右の理屈

 

語源を遡ると、右が左よりも上位・優位の概念であったことが分かります。漢字にも反映されているこの右優位性は現代の思想、社会学的にどのような痕跡を残しているのでしょうか。今後の課題です。

 

右脳と左脳の使い分け

右と左を自分自身にあてはめたとき、脳の働きを理解することで、よりその違いを有効に利用できるのではないか、と考えます。
ハイ・コンセプト「新しいこと」を考え出す人の時代』 による、右脳と左脳の違いを以下にまとめます。

左脳 右脳
右半身を制御 左半身を制御
「逐次的に」処理 「全体的、瞬時に」処理
「文」 「文脈」
「詳細を分析」 「大きな全体像」

 

脳の知的技術

  • 言語
    • 言葉
    • 記号
  • 論理
    • 順序
    • リスト
    • 直線性
    • 分析
    • 時間
    • 関連づけ
  • リズム
  • イメージ
    • 空想
    • 視覚化
  • 空間把握
    • 次元性
    • ゲシュタルト
      • 全体性

 

机上における左右の役割分担

 

整理HACKS!―1分でスッキリする整理のコツと習慣』によると、デスク上のスペースの切り分けとして、人間の意識上の左右認識の違いを利用することが有効とあります。大まかに分けると、以下になります。

机の左半分=過去~現在のスペース

情報を思いだすために必要な参考資料や、定期的に確認が必要な書類を置くスペース

 

机の右半分=現在~未来のスペース

今後の仕事のイメージを膨らませるもの、これから作成する資料に関連するもの

人間の特性上、この分け方が本当に正しいのかはわかりませんが、情報を左から右へ時系列で並べて整理するという方法を、そのまま机のレイアウトに反映させるという考え方は、整理術の一つとして有効なのではと思います。

 

まとめ

日常の論理的、数学的な問題に対応することで左脳が働き、想像力を自由にすることで、右脳が働きます。
この表と、脳の基本的な知的技術を照らし合わせてみると、日々の生活で脳のどちら側をより多く使っているかがわかります。そして、使っていない方の脳を活用するにはどうすればよいのかもわかるのではないでしょうか。



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自己紹介
知的生産における効率と非効率のスキマにあるたのしさを発信していきます。 日常を便利にするコツや、役立つ情報、ライフハックを中心に。 Evernote、 Toodledo、 Mendeley、 Google、 などのツールとどう付き合っていくかなど、その時の考え、興味の中心を書いていくブログです。
  • Twitter : @ichi_tas
  • Email : mspktr0@gmail.com
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